Dit museum herbergt het mooiste uit Japan achter een Nederlandse historische gevel. Het museum is vernoemd naar de Duits-Nederlandse reiziger en arts Philipp Franz von Siebold (1796-1866) die het huis bewoonde en meer dan 25.000 voorwerpen verzamelde tijdens zijn verblijf in Japan. Het museum herbergt vele schatten uit het oude en nieuwe Japan, waaronder prenten, keramiek, fossielen, geprepareerde dieren, kleding en oude landkaarten. 

Belangrijke figuren in het museum zijn Von Siebold en zijn Japanse dochter Kusumoto Ine (Oine), die de eerste vrouwelijke arts in Japan werd. Om het huidige verhaal te actualiseren komt er meer aandacht voor de persoonlijke lotgevallen van Oine en de tot slaaf gemaakte Orson, die op Jakarta werd verhandeld en daarna als bezit van Von Siebold in Leiden terecht kwam. Dankzij deze nieuwe, eigentijdsere insteek verwacht het SieboldHuis veel nationale en internationale bezoekers naar Leiden te trekken. Met deze bijdrage kan het museum de vaste opstelling op de begane grond professioneel, eigentijds en voor een breed publiek doorontwikkelen.